Во-первых, оно тормозит.

Во-вторых, пока Мигель вылизывает вторую версию Додиеза, его сюзерен уже выпускает четвёртую.

Кому-то этих субъективных впечатлений достаточно, иные же просят объективных причин. Ладно, их есть у меня.

Третье. CLI запатентован Микрософтом. Корпорация официально обещала [Microsoft Community Promise], что не будет никого преследовать за его использование. Но это сейчас. Завтра они в своём Дотнете придумают новый интерфейс, и что вы будете делать с устаревшим к тому моменту Mono?

А интерфейсы они любят менять. Вспомните OLE, DDE, ATL, MFC, COM, DCOM, COM+… Не вспоминается? Мне тоже нет. А кто-то их долго и упорно изучал, программы по десять раз переписывал.

Четвёртое. Кто хоть немного писал что-нибудь не очень высокоуровневое на чистом Win32 API и под .NET согласится, интерфейсы эти поразительно схожи. Просто взяли все абстрактные сущности и сделали их реальными классами языка, а функции при этом превратились в методы. (Ещё есть самосвал совершенно новых вещей, но они совсем высокоуровневые.) То есть .NET просто предоставляет очень красивый и удобный интерфейс к Windows. Зачем мне в Линуксе нужны виндузовские концепции? Может, мне больше по душе принципы Позикса? Хотя этот пункт тоже большей частью субъективный. Но не полностью.